De meeste alumni kennen de Grote Gehoorzaal in de Agnietenkapel van promoties. Natuurlijk gaat de aandacht dan vooral uit naar de promovendus, maar niemand ontgaat het kleurrijke glas-in-lood op de achtergrond. Deze ramen vertellen een dubbele geschiedenis.
De voormalige kapel van het Agnietenklooster dateert uit 1470. Na de Alteratie van 1578, toen Amsterdam overging op het protestantisme, werd het klooster door de stad herbestemd. Vloeren deelden de kapel in drie verdiepingen. Boven een opslagruimte op de begane grond, betrok het Athenaeum Illustre, na de oprichting in 1632, de eerste verdieping. Er kwamen nieuwe ramen in de voorgevel en er werden twee gehoorzalen ingericht, waarboven een fraai beschilderd plafond. Op de zolderruimte kwam de stadsbibliotheek.
In de loop van de negentiende eeuw barstten de bibliotheek en het Athenaeum uit hun voegen en zochten een nieuw onderkomen. Even spande het erom of het vervallen geraakte gebouw bewaard zou blijven. Totdat de opvolger van het Athenaeum, de Universiteit van Amsterdam, besloot de kapel weer in gebruik te nemen. In 1919 begon de architect A.A. Kok, in dienst van Publieke Werken, met de restauratie. Maar hij stond voor een lastige opdracht, want wat ging hij eigenlijk restaureren? Een middeleeuwse kapel of het beroemde Athenaeum? Het werd een beetje van beiden.
De voorgevel werd herbouwd in vijftiende-eeuwse stijl, met een groot gotisch venster. De beschilderde plafonds uit de zeventiende eeuw werden gerestaureerd. De vloer onder de zalen werd verhoogd, omdat de oude opslagruimte onbruikbaar laag was. De inrichting werd modern, in de stijl van de Amsterdamse School. En voor het grote, nieuwe venster werden glas-in-loodramen besteld bij Willem Bogtman, de glaskunstenaar die net grote bekendheid had verkregen met zijn ramen voor de parel van de Amsterdamse School: het Scheepvaarthuis.
De ramen tonen de dubbele geschiedenis van de kapel. Het linkervenster laat de kloostergeschiedenis zien, met een vogelvluchtaanzicht van het Agnietenklooster, ontleend aan de beroemde kaart van Cornelis Anthonisz uit 1544. De biddende non voor de Heilige Agnes is Margriet Korsdochter. Haar beeld is overgenomen uit een altaarstuk van Jacob Cornelisz dat lang in de kapel hing.
Het rechtervenster laat de geschiedenis van de universiteit zien. Boven is de Grote Gehoorzaal afgebeeld, geïnspireerd op een prent van P. Fouquet uit 1783. Hierop zijn de dubbele ramen en de veel lagere vloer van de zaal te zien. De portretten van Pieter Burman en D.J. van Lennep, gebaseerd op schilderijen uit 1758 en rond 1850, staan eronder. Waarom Bogtman juist deze hoogleraren afbeeldde is niet bekend.
